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非上場株式を会社が買い取ると「みなし配当」に?個人間売買との税金の違い

2026.08.22

同族会社では、少数株主から「配当を出してほしい」「保有している株式を買い取ってほしい」と求められることがあります。

後継者へ株式を集約したい場合や、経営に関与していない親族株主との関係を整理したい場合には、株式の買取りが選択肢になります。

ただし、非上場株式を誰が買い取るかによって、売却する株主にかかる税金は大きく異なります。

特に、発行会社が自社の株式を買い取る「自己株式の取得」では、売却代金の一部が株式の譲渡所得ではなく「みなし配当」として総合課税の対象になることがあります。

個人間で売買した場合と同じ感覚で進めると、想定より税負担が大きくなる可能性があるため注意が必要です。


少数株主から株式の買取りを求められたら

株主が会社に対して株式の買取りを希望しても、通常の株式について、会社がその希望どおりに買い取る義務が当然に生じるわけではありません。

会社が自己株式を取得するためには、会社法に基づく株主総会などの手続きが必要です。また、会社が株主へ支払える金額は、会社の分配可能額による制限を受けます。

会社に利益や預金があるからといって、取締役や株主間の合意だけで自由に買い取れるとは限りません。

株式を整理する場合には、主に次の方法が考えられます。

  • 発行会社が自己株式として買い取る
  • 現経営者や後継者が個人で買い取る
  • 他の既存株主が買い取る
  • 第三者へ譲渡する
  • 配当を行いながら保有を継続してもらう

それぞれ資金の負担者、議決権割合、税金が異なるため、価格だけで決めないことが重要です。


会社が買い取ると売却代金が2つに分かれる

個人株主が非上場株式をその発行会社へ譲渡した場合、受け取った金額の全額が株式の譲渡収入になるとは限りません。

税務上、受け取った金額は原則として次の2つに区分されます。

  1. 会社の資本金等の額のうち、買い取った株式に対応する部分
  2. その金額を超える部分

1の部分は、株式の譲渡所得等の収入金額として扱われます。

一方、2の部分は、会社に蓄積された利益を株主へ払い戻したものとして「みなし配当」になります。

この資本金等の額に対応する部分は、単純に会社の資本金を発行済株式数で割ればよいとは限りません。税法上の資本金等の額や自己株式の取得直前の株式数などを基に計算するため、事前の税務計算が必要です。


みなし配当は総合課税になる

非上場株式のみなし配当は、原則として配当所得となり、給与所得や事業所得、不動産所得などと合算する総合課税の対象になります。

令和8年7月15日現在、非上場株式等の配当については、支払時に20.42%の所得税および復興特別所得税が源泉徴収されます。地方税は支払時には徴収されません。

ただし、20.42%の源泉徴収だけで税金が必ず完結するわけではありません。原則として確定申告により他の所得と合算して税額を精算するため、所得が高い株主では追加納税が発生することがあります。

また、みなし配当を支払う会社側には源泉徴収義務があります。自己株式の取得代金をそのまま全額支払ってしまうと、会社側に源泉所得税の納付漏れが生じる可能性があります。


個人間で売買した場合は申告分離課税

非上場株式を現経営者や後継者など別の個人へ売却した場合には、原則として次の算式で譲渡所得を計算します。

譲渡価額-株式の取得費-譲渡費用=株式の譲渡所得

非上場株式は「一般株式等」に該当し、譲渡益に対する税率は、所得税・復興特別所得税と住民税を合わせて20.315%です。

株式の譲渡所得は申告分離課税なので、給与所得などが多い場合でも、原則として譲渡益に適用される税率は変わりません。

この点が、総合課税となるみなし配当との大きな違いです。


具体例で比較

発行済株式4,000株の会社で、個人株主が600株を保有しているとします。持株割合は15%です。

この株式を1,500万円で売却し、株主の取得費が600万円だったケースを考えます。

後継者個人へ売却した場合

1,500万円が適正な時価であることを前提にすると、譲渡所得は次のとおりです。

1,500万円-600万円=900万円

この900万円に対して、原則として20.315%の税率で課税されます。概算税額は約183万円です。

発行会社へ売却した場合

会社が自己株式として買い取り、1,500万円のうち、税法上の資本金等の額に対応する部分が150万円だったと仮定します。

この場合の区分は、概ね次のようになります。

区分金額
株主が受け取る買取代金1,500万円
譲渡所得の収入となる部分150万円
みなし配当となる部分1,350万円

1,350万円のみなし配当については、会社が支払時に20.42%、約276万円を源泉徴収します。

さらに、株主の取得費600万円は譲渡所得部分の計算で使用します。

150万円-600万円=△450万円

この譲渡損失は、みなし配当1,350万円から直接差し引くことはできません。一般株式等に係る他の譲渡益がなければ、損失を十分に活用できない可能性があります。

同じ1,500万円で株式を売却しても、会社が買い取る場合と個人が買い取る場合では、売却した株主の課税関係が大きく異なります。

なお、この計算例は仕組みを説明するための簡略化したものです。実際のみなし配当額は、会社の税務上の資本金等の額などを基に個別に計算します。


相続した非上場株式には特例がある

相続または遺贈によって取得した非上場株式を、その発行会社へ売却する場合には、一定の要件を満たすことで、みなし配当課税を行わず、売却代金の全額を株式の譲渡所得の収入金額とする特例があります。

主な要件は次のとおりです。

  • 相続または遺贈により財産を取得していること
  • その相続について納付すべき相続税額があること
  • 相続税の課税対象となった非上場株式であること
  • 所定の期限内にその発行会社へ譲渡すること
  • 譲渡日までに会社へ所定の届出書を提出すること

譲渡期限は、相続開始日の翌日から相続税申告期限の翌日以後3年を経過する日までです。

この特例を利用する場合には、「相続財産を譲渡した場合の取得費加算の特例」を併用できる可能性もあります。

ただし、届出書の提出時期や相続税の納税要件などがあるため、売買契約を締結してから検討するのでは遅い場合があります。


売買価格は自由に決めてよい?

非上場株式には市場価格がないため、当事者間で価格を決める必要があります。

しかし、同族関係者間で著しく低い価格または高い価格で売買すると、売主、買主、発行会社の関係によって、贈与税や所得税、法人税の問題が生じる可能性があります。

株価を検討する際には、会社の純資産、収益力、配当実績、株主の属性、取引後の支配関係などを確認します。

相続税評価額をそのまま売買価格として使用すれば、必ず税務上問題がないというわけでもありません。相続税の評価と所得税・法人税における時価は、目的や当事者の関係によって検討方法が異なるためです。


株式買取り前に確認すべきこと

非上場株式の買取りを進める前に、少なくとも次の事項を確認する必要があります。

  • 現在の株主構成と議決権割合
  • 株式の取得経緯と取得費
  • 株式の適正な時価
  • 会社の分配可能額と資金繰り
  • 会社が買うか、後継者個人が買うか
  • 自己株式取得時のみなし配当額
  • 会社側の源泉徴収額
  • 買取り後の議決権割合
  • 相続株式に関する特例の適用可否
  • 株主総会など会社法上の手続き

会社に十分な預金があっても、自己株式の取得が最も有利とは限りません。

後継者個人に購入資金がない場合には会社買取りが実行しやすい一方、売却する株主の税負担が大きくなることがあります。会社、売主、後継者の三者について比較することが大切です。


まとめ

非上場株式を発行会社が自己株式として買い取る場合、売却代金の一部がみなし配当となり、総合課税の対象になることがあります。

一方、現経営者や後継者など別の個人へ売却した場合には、原則として株式の譲渡益に対する申告分離課税となります。

どちらが有利かは、会社の資本金等の額、売却株主の取得費や他の所得、会社の分配可能額、後継者の資金力などによって変わります。

税理士法人アストラストでは、非上場株式の評価、自己株式取得時のみなし配当、個人間売買との税負担比較、事業承継後の株主構成まで含めて検討しています。岡山県内で少数株主から株式の買取りを求められている会社や、後継者への株式集約を検討している経営者の方は、売買価格を決める前にご相談ください。

※本記事は令和8年7月15日現在の法令等に基づく一般的な説明です。実際の課税関係や会社法上の手続きは、株主構成、取得経緯、定款、売買価格などによって異なります。

参考資料

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